原因一：消化系統疾病及功能紊亂，患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統而致病。口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、侷限性腸炎、肝炎等有關。研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。
原因二：內分泌變化，有些女性患者往往在月經期發生，可能與體內雌激素量下降有關。有些女性每逢經期或行經前後就會出現口腔潰瘍，用藥治療只能暫時緩解，下月行經時依然如故地出現，疼痛難忍，與此同時，還常伴有口乾、心煩、易怒和大便乾結等令人煩惱的症狀。臨床研究發現，月經期出現口腔潰瘍主要是由於體內黃體酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所致。
原因三：其他因素，如缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12、營養不良等，可降低免疫功能，增加複發性口腔潰瘍發病的可能性。病毒可能是口腔潰瘍的始動因子，但目前尚未在患者血清中查出相關抗體，亦未見從口腔潰瘍病損組織中分離出病毒的報道。
細菌對口腔潰瘍的作用已提出了多年，與口腔潰瘍關係密切的細菌有血鏈球菌及幽門螺桿菌。體內超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2 和6酮前列腺素比例失調及總體水平下降可引發口腔潰瘍。微循環障礙致血流速度慢，血液流量低，毛細血管靜脈端管徑擴張，造成局部缺血、缺氧從而引起黏膜膜損傷，潰瘍形成。血清中缺鋅、缺鐵、高銅等與RAU的發生有一定相關性。有報道稱戒菸亦可誘發口腔潰瘍。牙膏中的成分12-烷硫酸鈉(SLS)可能刺激黏膜，誘發口腔潰瘍。
