1.細菌性肺炎
發生率為5～15%。流感起病後2～4天病情進一步加重，或在流感恢復期後病情反而加重，出現高熱、劇烈咳嗽、膿性痰、呼吸困難，肺部溼性囉音及肺實變體徵。外周血白細胞總數和中性粒細胞顯著增多，以肺炎鏈球菌、金黃色葡萄球菌，尤其是耐甲氧西林金黃色葡萄球菌，肺炎鏈球菌或流感嗜血桿菌等為主。
2.其他病原菌感染所致肺炎
包括衣原體、支原體、嗜肺軍團菌、真菌(麴黴菌)等，對流感患者的肺炎經常規抗感染治療無效時，應考慮到真菌感染的可能。
3.其他病毒性肺炎
常見的有鼻病毒、冠狀病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒等，在慢性阻塞性肺部疾病患者中發生率高，並可使病情加重，臨床上難以和流感病毒引起的肺炎相區別，相關病原學和血清學檢測有助於鑑別診斷。
4.Reye綜合徵(瑞氏綜合徵)
偶見於14歲以下的兒童，尤其是使用阿司匹林等水楊酸類解熱鎮痛藥物者。主要表現為退熱後出現噁心、嘔吐、繼之嗜睡、昏迷、驚厥等神經系統症狀，肝大，無黃疸，腦脊液檢查正常。發病機制不清楚。
5.心臟損害
心臟損傷不常見，主要有心肌炎、心包炎。可見肌酸激酶升高、心電圖異常，而肌鈣蛋白異常少見，多可恢復。重症病例可出現心力衰竭。
6.神經系統損傷
包括腦脊髓炎、橫斷性脊髓炎、無菌性腦膜炎、局灶性神經功能紊亂、急性感染性脫髓鞘性多發性神經根神經病(格林巴利綜合徵)。
7.肌炎和橫紋肌溶解綜合徵
在流感中罕見。主要症狀有肌無力、腎衰竭，CK升高。
