1.急性心肌梗死：急性肺栓塞可出現劇烈胸痛伴心電圖酷似心肌梗死圖形，需與急性心肌梗死相鑑別。
2.冠狀動脈供血不足：在年齡較大的急性肺栓塞或複發性肺栓塞患者心電圖可出現Ⅱ，Ⅲ，aVF導聯ST段，T波改變，甚至V1-4導聯呈現“冠狀T”，同時存在的胸痛，氣短，容易診斷為冠狀動脈供血不足或心內膜下心肌梗死，通常肺栓塞的心電圖除ST，T改變外，心電軸右偏明顯或出現SIQⅢTⅢ型及“肺型P”波，心電圖改變常在1～2周內明顯好轉或消失，與冠心病者不同，肺栓塞患者為勞力性呼吸困難，而冠心病為勞力性心絞痛，放射性核素心肌顯像二者截然不同，肺栓塞缺少典型的心肌灌注缺損或 “再灌注”表現。
3.肺炎：發熱，胸痛，咳嗽，白細胞增多，X線胸片示浸潤陰影等易與肺栓塞相混淆，是肺栓塞最易誤診的疾病之一，如能注意較明顯的呼吸困難，頸靜脈充盈，下肢靜脈炎，X線胸片示反覆浸潤陰影和區域性肺血管紋理減少以及血氣異常等，應疑有肺栓塞，再進一步做CT和MRI等檢查，多可予鑑別。
4.胸膜炎：約1/3肺栓塞患者可發生胸腔積液，易被誤診為病毒性或結核性胸膜炎，後者給予長期抗結核治療，併發胸腔滲液的肺栓塞患者缺少結核病全身中毒症狀，胸液多為血性，量少，吸收較快(1～2周內自然吸收)，動脈血氣和下肢靜脈正常，X線胸片可同時發現吸收較快的肺浸潤或梗死等陰影與結核性胸膜炎不同。
5.肺不張：術後肺不張可能與肺栓塞相混淆，動脈血氣通常也不正常，周圍靜脈正常有助於區別，需要時可做CT，MRI或肺動脈造影以資鑑別。
