乙腦(流行性乙型腦炎)和流腦(流行性腦脊髓炎)雖然都是中樞神經系統的傳染性疾病，臨床表現也有一些相同之處，但它們是兩種不同的疾病。
首先，流腦是腦膜炎雙球菌引起的，是由帶菌者或病人經呼吸道飛沫傳染。乙腦是由乙腦病毒引起的，此種病毒通過蚊蟲先在牲畜(如幼豬、馬、牛等)中傳播，而後再傳播給人。
流腦流行每於冬末開始，春節盛行，到初夏就明顯下降，季節性不如乙腦嚴格。乙腦流行有嚴格的季節性，大都在夏季和初秋。
兩種病發病開始都有發熱、頭疼、噁心嘔吐，典型病人可以有嗜睡、抽搐、昏迷等。
但乙腦病人沒有菌血症期，不會出現皮膚淤點，也少有很快出現休克者。雖然二者重症的病人都會發生顱內壓增高的種種危險症狀，但乙腦病程進展不象流腦那麼迅速。
流腦一般病程為7~10天左右，恢復期常在口、鼻周圍起皰疹，而乙腦病程約經2周方進入恢復期，甚至在發病6個月後仍遺留神經、精神方面的症狀。
其次兩者的腦脊液化驗結果也有很多不同。流腦在腦脊液塗片或培養時可發現腦膜炎雙球菌，腦脊液渾濁如米湯,樣，白細胞數和蛋白質明顯增高，而糖和氯化物減少;乙腦的腦脊液呈澄清或微混，白細胞數和蛋白質僅輕度增高，糖和氯化物一般正常。
最後，流腦可用抗生素(如青黴素)控制感染，而乙腦因是病毒感染，至今尚無特殊治療法。
