如果女性生殖系統包括盆腔、輸卵管等感染上沙眼衣原體。由於沙眼衣原體是能引起免疫反應的微生物，它造成的免疫反應會導致輸卵管不通或者通而不暢，這個反應可能持續幾個月或者幾年，最直接的後果就是影響懷孕。如果輸卵管完全不通，就會造成不孕症。如果輸卵管通而不暢，就會造成宮外孕。
預防沙眼衣原體
沙眼衣原體感染的主要病理改變是慢性炎症，造成組織損傷，後期還可以形成瘢痕，影響器官的功能。由於其難以早期發現並早期治療，所以預防顯得更加尤為重要。
1、安全性行為：提倡行為的改變，如不搞非婚性行為，推遲首次性交年齡，減少性伴的數目，慎重選擇性伴，使用安全套等。
2、早期檢查：如果有非婚性行為或其他不安全的性行為，或者有尿道症狀、白帶異常，應該及時去正規醫院就診，做相關的檢查，及早診斷，及時治療，避免發生合併症和後遺症。
