沙眼衣原體屬於革蘭氏陰性菌，對許多抗生素、磺胺藥敏感，能抑制其生長。所以沙眼衣原體治療不很難，難於它的早期症狀不明顯，不能及時做到早期發現早期治療，導致遷延引發較為嚴重的疾病。由於男女生殖器官結構的不同，各自症狀也會各有不同：
1、男性感染：主要為尿道炎，潛伏期1～3周。臨床表現為尿道黏液性或黏液膿性分泌物，並有尿痛、尿道不適等症狀。臨床表現輕者無症狀，重者有直腸疼痛、出血、腹瀉及黏液性分泌物。
2、女性感染：女性主要發生宮頸炎和尿道炎，70%～90%的婦女宮頸沙眼衣原體感染無症狀，可持續數月至數年。有症狀發生時，可出現陰道分泌物異常，非月經期或性交後出血。尿道炎的症狀有排尿困難、尿頻、尿急等。衣原體宮頸感染如不治療，可向上發展發生盆腔炎。
3、母嬰傳播：孕婦的生殖道沙眼衣原體感染可增加早產、低出生體重和胎膜早破的危險性。如未經有效治療，可傳染新生兒，引起新生兒眼炎及肺炎。
沙眼衣原體對輸卵管情有獨鍾
如果女性生殖系統包括盆腔、輸卵管等感染上沙眼衣原體。由於沙眼衣原體是能引起免疫反應的微生物，它造成的免疫反應會導致輸卵管不通或者通而不暢，這個反應可能持續幾個月或者幾年，最直接的後果就是影響懷孕。如果輸卵管完全不通，就會造成不孕症。如果輸卵管通而不暢，就會造成宮外孕.
