帕金森病的手術應在具有一定條件的醫院開展，包括擁有磁共振、精確的立體定向系統及射頻治療系統、術中電生理監護系統、術中X線（C臂機）等，手術團隊包括經驗豐富的神經內科/運動障礙病的專科醫生、臨床心理醫生及受過專門訓練的神經外科及立體定向神經外科醫生。
帕金森病的手術治療僅適用於那些經過經驗豐富的神經內科/運動障礙病專科醫生治療，儘管在充分、有效的藥物治療下，患者的運動功能障礙仍影響日常生活或工作。
具體原則為：
1、原發性帕金森病，
2、 左旋多巴製劑有效或曾經有效，
3、 患病5年以上
4、 藥物開期，H&Y分級在2.5級或者以上
藥物“關”期每天累計超過2小時或異動時間每天累計超過2小時，每天服用左旋多巴、受體激動劑、COMT抑制劑等三種藥物聯合治療下，患者仍有以下一種或多種情形者應考慮手術治療：
（1）藥物的症狀控制效果不能持續完整一天；
（2）出現藥物引起的異動症、劑末現象並妨礙運動功能；
（3）可預期的或不可預期的運動波動；
5、 以下兩種情況可以更早期手術
（1）藥物不能完全控制的震顫；
（2）帕金森病患者無法耐受抗帕金森病藥物的副作用
在滿足上述條件的基礎上，病人沒有常規神經外科手術的禁忌症（出血傾向、感染等）；沒有明顯智力障礙或精神性疾病，在手術過程中願意並能夠合作。
術前評估在帕金森病手術治療中尤其重要，不但可以提前判斷手術效果，還可以使家屬對手術效果有合理的期望值。術前評估應由受過運動障礙病專科訓練的神經內科醫生及心理科醫生完成。無論患者接受毀損手術治療或腦深部電刺激治療，術前患者都應接受全面完整的術前評估，以判斷患者是否適合手術以及預測手術療效及資料存檔便於長期隨訪。患者在術前3-7天，分別評估藥物“開”期和“關”期的運動及其他功能狀況。常用評估量表包括UPDRS，Hoehn-Yahr量表，Schwab-England日常生活量表以及簡明精神症狀量表和Hamilton抑鬱量表等。對於懷疑有認知功能障礙的病人，術前應評估患者的智力、記憶、理解、判斷及操作功能。術前兩週停用所有抗凝血製劑以減少術中出血，控制患者高血壓、糖尿病等症狀。
目前對帕金森病早期是否可以手術治療，是一個很敏感的話題。首先我們應該界定早期的含義：通常指病史在5年以內、或者病史即使5年以上，但藥物治療有效且沒有藥物副作用，或者horn & Yahr 分級為3級以前時應該都是病情的早期。但對於原發性帕金森病患者，早期應用左旋多巴製劑控制症狀效果很好，少量的藥物就能明顯改善帕金森病症狀，此時沒有必要接受手術治療。以下情況例外：患者對所有抗帕金森病藥物都有嚴重不良反應而無法接受藥物治療；有嚴重的震顫症狀而且藥物治療無法控制症狀者，為了改善其生活質量及工作能力，可以考慮早期干預。對於PARK基因陽性的年輕帕金森病患者，為了延緩長期服藥導致副作用的時間，可以考慮早期手術治療。
另外一個早期的概念是指帕金森病病人出現了開關現象、異動症等藥物併發症的三年以內，2013年的新英格蘭雜誌發表的一篇文章證實，此時腦起搏器手術治療效果要優於單純的藥物治療。
除了病程以外，患者接受手術時的年齡對手術效果影響也很大。一般來講，年輕的，偏身症狀重，對左旋多巴的反應良好,全身健康狀況比較好的病人手術效果較好；手術患者的年齡不宜過大，體質要比較好，頭部CT、MRI無其他嚴重的腦實質性病變及腦萎縮。雖然年齡不是絕對限制,但身體素質還是很重要的。儘管手術本身不會造成病人死亡,但70歲以上，體質較差的患者術後容易出現的嗜睡和神智淡漠,有些患者會伴發肺部感染,高熱,甚至有生命危險，這種悲劇是發生過的。特別是伴有高血壓病、糖尿病、動脈硬化、心臟病和全身健康狀況較差的病人術後發生併發症的情況會相對較多。
需要強調的是，由於移植術還處於試驗階段，目前臨床應用的手術方法只是對症治療，並不能真正治癒帕金森病，術後仍需藥物治療，但可以減少劑量。
