扁桃體是具有免疫功能的外周淋巴組織，是咽淋巴內環的一部分，有防禦細菌和其它外來因子入侵的作用。研究證明扁桃體能產生各種免疫球蛋白，還有T 和B 淋巴細胞，因此，小兒扁桃體在機體免疫功能中起到一定的作用，那麼，由於各種原因需要切除兒童扁桃體，這會影響免疫功能嗎？
有研究檢測兒童血清IgG、IgA 和IgM 的水平，手術後1 周、3 個月和6 個月與手術前比較，檢測值無明顯變化，均處於正常範圍之內，表明手術對患者免疫系統無影響，對一般兒童來說，不會因切除扁桃體而產生免疫缺陷。還有研究觀察到扁桃體切除術後5年以上(平均20.5年)、切除時年齡10歲以上(平均21.5歲)的病例與未行扁桃體切除的對照組進行術後病史問卷調查和相關免疫學指標檢測比較，血清IgA和中性粒細胞絕對數值在正常範圍內，觀察組病例術後上呼吸道感染髮生頻率、免疫相關性疾病罹患率均未高於對照組，表明人體一般健康狀況和整體免疫功能無明顯遠期影響。
此外，在外周免疫器官中，以脾臟和淋巴結的免疫功能為主，扁桃體的免疫作用處於次要地位。
另外一方面，反覆發作的慢性扁桃體炎不僅不具備免疫功能，反而成了感染散播的病灶， 一旦患上慢性扁桃體炎，就會加大感染急性腎炎、心內膜炎和風溼病等併發症的風險，肥大的扁桃體會引起響鼾憋氣，影響身體發育和記憶力，有“百害而無一利”，因此，扁桃體切除手術非常必要，並且不會影響身體健康。
