一、非結核分枝桿菌肺病：本病的臨床表現與肺結核相似，難以鑑別。影像學檢查提示肺內病變多以增殖、纖維條索為主，常有空洞形成，可表現為多房性，往往侵犯兩胸膜下的肺組織，以薄壁為主。病變多累及胸膜。臨床上可見症狀與病變的分離現象，即患者肺部病變較廣泛，而症狀相對較輕。
組織病理所見亦與肺結核很難鑑別，但乾酪壞死較少，纖維或玻璃樣變較多，機體組織反應較弱。如有壞死，則壞死物往往比較稀薄。
未使用過抗結核藥物的新發肺結核病人，其致病菌如對一線抗結核藥物耐藥尤其是耐多種藥物者，應高度懷疑非結核分枝桿菌肺病。本病的確診主要依賴於菌種鑑定。
二、肺癌：中央型肺癌常有痰中帶血，肺門附近有陰影，與肺門淋巴結結核相似。周圍型肺癌可呈團塊、分葉狀塊影，需與結核球鑑別。肺癌多見於40歲以上嗜煙男性;常無明顯結核中毒症狀，多有刺激性咳嗽、胸痛及進行性消瘦。X線胸片示團塊狀病灶邊緣常有切跡、小毛刺，周圍無衛星灶，胸部CT掃描對可進一步鑑別，增強掃描後肺癌病灶常有增強。結合痰菌、脫落細胞檢查及通過纖支鏡檢查及活檢等，常能及時鑑別。但需注意有時肺癌與肺結核可以並存。臨床上難以完全排除肺癌者，結合具體情況，必要時可考慮剖胸控查，以免貽誤治療時機。
三、肺炎：典型肺炎鏈球菌肺炎與繼發性肺結核區別不難。繼發性肺結核主要表現為滲出性病變或乾酪性肺炎時，需與肺炎特別是肺炎鏈球菌肺炎鑑別。肺炎鏈球菌性肺炎起病急驟、高熱、寒戰、胸痛伴氣急，咳鐵鏽色痰，X線胸片病變常侷限於一葉，血白細胞總數及中性粒細胞增多，痰塗片或培養可分離到細菌，抗酸桿菌或分枝桿菌陰性，抗生素治療有效。乾酪樣肺炎則多有結核中毒症狀，起病較慢，咳黃色粘液痰，X線胸片病變可波及右上葉尖，後段，呈雲絮狀、密度不均，可出現蟲蝕樣空洞，抗結核治療有效，痰中易找到抗酸桿菌或分枝桿菌。
有輕度咳嗽、低熱的支原體肺炎、病毒性肺炎或過敏性肺炎(嗜酸性粒細胞肺浸潤症)在X線上的炎症徵象，與早期繼發性肺結核相似，對這一類一時難以鑑別的病例，不宜急於抗結核治療，應先行結核相關檢查如PPD試驗，血清結核抗體，痰抗酸桿菌塗片等，如仍無法鑑別，可行抗炎治療後複查。支原體肺炎通常在短時間內(2-3周)可自行消散;過敏性肺炎的肺內浸潤常呈遊走性，血中嗜酸性粒細胞增多。
四、肺膿腫：肺膿腫起病較急，高熱、大量膿痰，空洞以厚壁多見，內常有液平面。肺結核空洞則多發生在肺上葉，空洞壁較薄，洞內很少有液平面。此外，肺膿腫痰中無抗酸桿菌或分枝桿菌，但有多種其他細菌，血白細胞總數及中性粒細胞增多 ，抗生素治療有效。繼發性肺結核中形成慢性纖維空洞合併感染時易與慢性肺膿腫混淆，後者痰抗酸桿菌或分枝桿菌陰性。
五、支氣管擴張：有慢性咳嗽、咳痰及反覆咯血，需與繼發性肺結核鑑別。支氣管擴張的痰結核菌陰性，X線胸片多無異常發現或僅見局部肺紋理增粗或捲髮狀陰影，CT尤其是高分辨CT有助確診。需注意兩種疾病可同時存在，而且結核病本身可導致支氣管擴張，此時判定結核的活動性非常重要。
