患者最常見的併發症是中度或重度卵巢過度刺激綜合徵（OHSS），主要由於生育藥物引起卵巢的過度刺激而發病。住院治療是第二個常見的併發症。
每10000例自體卵細胞（女性使用自己的卵細胞而非捐贈者的供卵）導致OHSS發病率最高可達153.5（95％置信區間[CI],146.0-161.3），住院治療發生率最高可達34.8（95％ CI，30.9-39.3）。
而其他併發症的發病率非常低，整個治療週期內不到10/10000，這些併發症都包括在接受藥物刺激的12周內所引起的感染、大出血、藥物不良反應、麻醉併發症以及死亡等。
近年來取卵術已由原先的腹腔鏡檢查轉變為非外科的低創性經陰道取出，早前已有研究指出這種取卵術的轉變已經提高了整體的懷孕概率。
然而，這項新研究的重點並不在於妊娠率高低，而在於這對不孕患者來說是一項治療後的福利。作者表示，“據我們所知，這項研究第一次量化了美國ART技術相關的患者風險”。
該研究同時探討了卵細胞捐贈輔助生殖技術的不良反應事件，結果發現其風險甚至低於自體卵細胞。卵細胞捐贈輔助生殖技術發生併發症的P值小於0.05。其中OHSS（峰值為31人/10000例）及住院治療（10.5人/10000人）同樣是最常見的併發症。
在ART技術中OHSS是最常見的併發症，因此作者建議將來希望能見到更多的研究來探討OHSS的預測因子。
