百日咳的症狀初與感冒相似，患兒主要表現為咳嗽、流涕，有時伴有低熱。3～4天后，一般症狀好轉，乾咳加重，尤其夜裡咳嗽頻繁。1～2周後咳嗽為痙攣性、陣發性發作，患者連續咳嗽不止，頭部淺靜脈充血，面紅耳赤。劇咳之後出現特殊的高調雞鳴吼聲，大量的黏液或膿痰由氣管排出，有時會伴有嘔吐。
早期及時的給予恰當的治療和護理，可縮短百日咳的病程，減輕併發症。首先，要給予有效的抗菌治療，一般選用大環內酯類，療程多數為7～14天。也可選用氨苄西林、複方磺胺甲惡唑等。其次，是對症治療，痙咳頻繁且痰液黏稠不易咳出時，可用祛痰劑或霧化吸入;夜間咳嗽劇烈而影響睡眠者，可給鎮靜劑。上述藥物均應在醫生指導下使用。
百日咳的併發症極為嚴重，多需要及早防治。百日咳最常見的併發症是肺炎，患兒表現為發熱、喘憋、鼻翼煽動、面色發青等;最嚴重的併發症為顱內出血及百日咳腦病。如患兒出現劇烈頭痛、煩躁不安，小嬰兒出現尖叫哭鬧，或抽風昏迷，可能合併顱內出血;如患兒出現神志不清、失語、肢體癱瘓等症狀，可能合併腦病，要及時送往醫院治療。
百日咳患兒的日常護理尤為重要。要保證室內空氣新鮮，陽光充足，不要在室內吸菸。白天多安排室內或戶外活動，保持患兒心情舒暢。避免哭叫、煤煙等不良刺激，減少痙咳的次數。給患兒易消化富有營養的食物，如麵條、蒸蛋、米粥等，品種要多樣。採用少量多餐的辦法，餵食不可過急，食後少動，以免引起嘔吐;飲食不可過涼或過熱，以免刺激氣管而咳嗽。注意孩子的口腔衛生，經常刷牙;年齡小的孩子用淡鹽水擦拭口腔，以免發生口腔潰瘍。痙咳發作時協助側臥，坐起或抱起，輕拍背部，助痰排出。咳嗽引起嘔吐時，要讓孩子把頭扭向一邊，以免嘔吐物進入氣管，引起窒息;嘔吐完了要給孩子漱口
