臨床表現多為急性發病，病人有異物感，畏光，流淚，較多黏液或黏液膿性分泌物。數週後急性症狀消退，進入慢性期，此時可無任何不適或僅覺眼易疲勞，如於此時治癒或自愈，可不留瘢痕。但在慢性病程中，於流行地區常有重複感染，病情加重。角膜上有活動性血管翳時，刺激症狀變為顯著，視力減退。晚期常因後遺症，如瞼內翻、倒睫、角膜潰瘍及眼球乾燥等，症狀更為明顯，並嚴重影響視力，甚至失明。
1.急性沙眼呈現急性濾泡結膜炎症狀，眼瞼紅腫，結膜高度充血，因乳頭增生瞼結膜粗糙不平，上下穹隆部結膜滿面濾泡，合併有瀰漫性角膜上皮炎及耳前淋巴結腫大，數週後可轉為慢性期。
2.慢性沙眼可因反覆感染，病程遷延數年至十多年，充血程度減輕，有乳頭增生及濾泡形成，濾泡大小不等，可顯膠樣，病變以上穹隆及瞼板上緣結膜顯著，同樣病變亦見於下瞼結膜及下穹隆結膜，嚴重者甚至可侵及半月皺襞。
