嬰兒腹瀉的原因有：
1、體質因素
(1)嬰兒胃腸道發育不夠成熟，酶的活性較低，但營養需要相對地多，胃腸道負擔重。
(2)嬰兒時期神經、內分泌、循環系統及肝、腎功能發育均未成熟，調節機能較差。
(3)嬰兒免疫功能也不完善。血清大腸桿菌抗體滴度以初生至2週歲最低，以後漸升高。
(4)嬰兒體液分佈和成人不同，細胞外液佔比例較高，且水分代謝旺盛，調節功能又差，較易發生體液、電解質紊亂。
2、感染因素
分為消化道內與消化道外感染，以前者為主。
(1)消化道內感染：致病微生物可隨汙染的食物或水進入小兒消化道，常發生在人工餵養兒的過程中。
(2)消化道外感染：消化道外的器官、組織受到感染也可引起腹瀉，常見於中耳炎、咽炎、肺炎、泌尿道感染和皮膚感染等。
(3)濫用抗生素所致的腸道菌群紊亂：長期較大量地應用廣譜抗生素，如氯黴素、卡那黴素、慶大黴素、氨苄青黴素、各種頭孢黴素，特別是兩種或以上並用。
3.消化功能紊亂
(1)飲食因素。
(2)不耐受碳水化物。
(3)食物過敏。
(4)藥物影響。
