只有明確的診斷以後，才會選擇一個適合患者身體狀況的治療方案，治療前一定要到正規的醫院作甲狀腺功能的檢查，做出一個明確的診斷。甲狀腺結節的治療方法要根據患者的病情決定。對於甲狀腺結節屬於良性腫塊的，可以觀察隨訪、藥物治療和手術的切除。對於惡性腫瘤，需要首選手術切除，對於少見的惡性甲狀腺結節腫塊很容易導致其他的併發症，治療時需要相關的放射性治療。
甲狀腺結節藥物治療
主要為甲狀腺激素抑制治療，短期治療無效，至少應在半年以上。絕經前婦女及男性可用較大劑量抑制治療一年以上。一般在患者做了甲狀腺結節手術後，多因甲狀腺激素分泌不足又促甲狀腺激素分泌增加刺激甲狀腺增生，所以在手術後醫生會讓患者堅持服用優甲樂抑制TSH分泌防止結節性甲狀腺腫的增生。但是一定要聽取醫生的建議，不要過量服用，並且吃了一點時間後，要及時的去醫院複查，如果情況正常可以按照醫生的建議減量。
對絕經後婦女應注意甲狀腺激素對骨代謝的不利影響。應先短期隨訪，若結節無變化或縮小，僅予隨訪不必採用甲狀腺激素抑制治療；經隨訪後結節增大者再行抑制治療，一般初始劑量宜偏小，將TSH抑制在低於正常但又可測得的範圍。治療一年後停藥觀察，停藥後結節增大者重新甲狀腺激素治療將TSH抑制在正常低限，可長期服用。結節無變化或縮小者僅定期隨訪，在抑制治療中結節增大者直接手術或重新穿刺評估。
硬化治療
對診斷確定的良性結節，尤其如自主功能性甲狀腺結節或腺瘤，甲狀旁腺腺瘤等可採用本方法治療，在超聲引導下向結節中央注入無水乙醇1-4ml，可重複注射，直至結節消失。
放射治療
自主性功能性/高功能性甲狀腺結節或腺瘤因有濃聚碘的功能，可採用此治療。
手術切除
自主性高功能性甲狀腺腺瘤也可手術切除，術前也應適當準備，以防發生甲亢危象。其他良性結節若病人顧慮較大或不能定期隨訪也可擇期手術治療。
甲狀腺囊性病變多為良性病變，故可保守治療，一般先單純穿刺抽吸治療，每月1-2次。經反覆抽吸無效者可使用鹽酸四環素或無水乙醇硬化治療。穿刺出囊液應行常規病理檢查，若囊液中有癌細胞或可疑癌細胞，或對遺留結節的穿刺提示為惡性者均應手術治療。如果不治療，局部細胞久而久之易形成惡變，危及自身生命，且甲狀腺瘤的惡變率都較高。
手術缺陷
1、手術切除不徹底，殘留的甲狀腺組織和微小結節會在術後迅速增生，而術後甲狀腺素製劑的抑制治療對殘留的病變組織影響有限，所以術後複發率較高。
2、甲狀腺結節手術時為了避免損傷喉返神經，往往對它進行解剖，這樣可能會引起喉返神經的水腫或影響它的血供，以至於患者可能會在術後出現說話比較吃力的現象。
3、甲狀腺結節手術中必須切斷某些血管，造成甲狀旁腺血供受影響所致，從而出現手腳發麻的現象。
4、甲狀腺結節手術要大範圍地分離切口上下的皮瓣，易造成切口周圍組織的水腫。特別是那些中老年婦女，因為皮膚比較鬆弛而且脂肪組織較多，故切口很容易水腫，手術後切口會腫脹發硬。
5、甲狀腺手術後吞嚥會有牽拉感甚至咳嗽，這與甲狀腺結節術後正常的疤痕收縮反應有關。因為，雖然甲狀腺結節術後頸部僅有一條線樣的疤痕，但實際的手術創面要比這一疤痕大得多，這一創面與頸部的切口一樣需要經過正常的疤痕反應才能復原。疤痕反應過程會收縮，牽拉創面附近的氣管，造成吞嚥時的牽拉感，甚至會刺激氣管引發咳嗽。
