(1)大腸桿菌敗血症
一般認為脂膜早破，產程延長，產時感染以及生後3D內發病的以大腸桿菌感染為主，可選用氨苄青黴素加用慶大黴素或丁胺卡那黴素。氨苄青黴素為新生兒期細菌感染的常用藥物，不僅對球菌具有強大的抗菌作用，對新生兒感染常見病原菌如大腸桿菌、流感桿菌等革蘭陰性桿菌具有較高的抗菌活性。
對上述抗生素耐藥或臨床療效不佳，可改用第三代頭孢菌素。第三代頭孢菌素治療各種革蘭陰性和陽性需氧菌所致的敗血症療效滿意。尤其是對革蘭陰性細菌，療效更為突出，有效率達84%～97%。如頭孢氨噻肟和頭孢三嗪除有明顯的殺菌作用外，還能透過有炎症的血腦屏障。
(2)金黃色葡萄球菌敗血症
新生兒皮膚、粘膜有化膿性感染，以及醫院出生且住院較長者常常以金葡菌感染為主。治療可選用青黴素，但金黃色葡萄球菌大多數對青黴素耐藥，故常用耐酸青黴素，如苯唑青黴素、鄰氯青黴素、雙氯青黴素，或用萬古黴素加上述耐酶青黴素。
(3)鏈球菌敗血症
B組鏈球菌敗血症早期的臨床表現和新生兒呼吸窘迫綜合徵相類似，不易區別，治療上用大劑量青黴素20萬～40萬U/(KG·D)分2～3次靜脈給藥。
(4)厭氧菌敗血症
近年來出現新生兒厭氧菌感染在逐漸增多，常見於胎膜早破，手術後併發症。治療上以甲硝唑(滅滴靈)為首選藥物。
(5)際內感染所致敗血症
住院後有入侵式治療(臍靜脈插管、氣管插管等)長期應用廣譜抗生素、病房擁擠等都易發生院內感染。凝固酶陰性葡萄球菌引起的院內感染敗血症應選用萬古黴素，劑量同上所述，療程為7～10D。
