1、下丘腦、垂體、卵巢軸調節功能異常：這是多囊卵巢病因之一。因為精神過度緊張、某些疾病等，影響到下丘腦、垂體內分泌功能，垂體對Gn-RH敏感性增加，分泌過量促性腺激素LH、及卵巢中作為雄激素形成酶的細胞色素的功能失調，導致卵巢間質、卵泡膜細胞產生過量雄激素，最終引起卵巢排卵障礙。
2、腎上腺功能異常：大概有一半的多囊卵巢患者，由腎上腺功能異常導致。腎上腺中合成街體激素的關鍵酶活性增加，及腎上腺細胞，對促腎上腺皮質激素(ACTH)敏感性增加，及功能亢進有關。腎上腺皮質功能亢進，分泌過量的雄激素，可出現無排卵、及類似多囊卵巢的症狀。
3、遺傳因素：部分多囊卵巢患者，是由遺傳原因導致的。經過專家多年工作經驗，多囊卵巢多具有家族遺傳史。但是，並沒有確切表明，只是多見。如自己母親，姐妹有人患有多囊卵巢，那麼，自己得多囊卵巢的幾率非常大。
4、胰島素抵抗和高胰島素血癥：一些多囊卵巢患者，特別是肥胖女性，多表現為高胰島素血癥、及耐胰島素，提示由胰島素抵抗引起。引起胰島素抵抗的原因有多種，多數情況是胰島素受體後信息傳導系統的障礙引起。
