结膜炎分为两类：感染性和非感染性。感染性结膜炎包括细菌性、病毒性和衣原体感染等。治疗主要是根据病原体，必要时辅以人工泪液和其他支持性治疗。
1.细菌性结膜炎。主要特点是结膜明显充血和粘液脓性分泌物，其致病微生物为葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等。细菌性结膜炎常用的抗生素药物有氨基糖苷类（如庆大霉素、新霉素、妥布霉素等）、氟喹诺酮类（如加替沙星、诺氟沙星、氧氟沙星等）、氨基糖苷类（如氯霉素）、四环素类、大环素类（如红霉素、利福平）等。首次治疗病因不明确时，应首选广谱抗生素，提倡不同类型的抗生素联合使用，兼顾球菌和杆菌，严重时应根据致病菌的药敏试验使用药物。但眼科抗菌药物存在局限性，广谱抗菌药物的广泛使用导致的细菌耐药性增加和抗菌药物本身的药代动力学缺陷已成为首要问题，如何提高药物的亲和力，减少用药次数，降低副作用，提高药效是目前眼科抗菌药物面临的问题。
2、病毒性结膜炎。可由腺病毒、单纯疱疹病毒和水痘-带状疱疹病毒引起。严重的病毒性结膜炎患者可能诉说明显的畏光和异物感，患者可能有纤维素性假膜和炎症细胞和/或结膜表面的局灶性角膜炎症。急性期的治疗可包括抑制病毒复制的抗病毒药物，如干扰素眼药水、0.1%阿昔洛韦眼药水和更昔洛韦眼药凝胶。抗菌眼药水是为了治疗合并的细菌感染而添加的。出现严重假膜时可考虑使用皮质类固醇眼液，但应密切监测皮质类固醇的副作用，如眼压升高和病毒感染加重。
3.衣原体感染。可使用15%磺胺醋酸盐钠或0.1%利福平眼药水。非感染性结膜炎与免疫反应密切相关，临床上常见的有体液免疫介导的春季结膜炎、过敏性结膜炎等，细胞免疫介导的水泡性结膜炎，以及自身免疫性疾病，如干燥性角结膜炎、结膜曲霉病、Stevens -Johnson综合症等。
对于春季结膜炎，在急性期可使用皮质类固醇眼药水5-7天，频繁点药（每两小时一次），好转后迅速减量。肥大细胞稳定剂（色甘酸钠）、抗组胺药（艾美婷）以及同时具有肥大细胞稳定和抗组胺作用的帕坦醇眼药水，可用于使用上述药物治疗后仍有明显症状的顽固病例。2%环孢素滴眼液通常可以迅速控制症状，但停药2-4个月后会有复发的倾向。
过敏性结膜炎的局部眼用药物治疗原则与春季结膜炎相同，只是要寻找和避免过敏原。水泡性结膜炎的治疗主要是使用皮质类固醇眼药水。自身免疫性结膜炎用免疫抑制剂治疗，如环孢素眼药水和人工泪液。皮质类固醇需要谨慎使用，密切注意眼压，防止角膜裂解和穿孔。
