并非每位更年期女性都能进行雌激素替代治疗，有的人甚至应该禁用这种治疗方法，如乳腺癌、子宫内膜癌、黑色素瘤患者，肝、肾功能不全者，阴道出血原因未查清者，患系统性红斑狼疮者，近半年内曾有血栓栓塞性疾病的患者等，均不能应用雌激素，脑膜瘤患者也禁用雌激素类药物。
另外，一些绝经后女性接受雌激素替代治疗也要慎重，如子宫肌瘤和子宫内膜异位症患者。因为这些疾病的发生均与雌、孕激素有关，进行雌激素替代治疗后，子宫肌瘤和子宫内膜异位症有可能加重，故应在医生指导下权衡利弊，再做决策。如患者有严重的高血压、糖尿病，应在内科医生指导下，先控制好血压和血糖，再应用雌激素替代治疗也不迟。其他像患胆囊炎、癫痫、哮喘和有乳腺癌家族史的患者，应用雌激素替代治疗亦应慎重。
认为，即使进入更年期或更年过渡期的女性需要服用雌激素，也要到正规医院在妇产科专家指导下合理应用。因为雌激素是一柄双刃剑，恰当服用可以调整内分泌，提高生活质量，有利于顺利度过更年期。过量服用或不规律应用，则会引起不良反应，甚至引发子宫癌或乳腺癌等严重疾病。
