胃肠道与心血管
就NSAIDs的常见副作用而言，有一个大致的(不是绝对的)规律，即胃肠道与心血管的安全性之间存在跷跷板现象。胃肠道安全性高的选择性NSAIDs，则心血管安全性较低;胃肠道安全性低的非选择性NSAIDs，则心血管安全性较高;而低度选择性NSAIDs，则胃肠道与心血管的安全性相对适中。
在心血管安全性方面，既往没有心血管危险因素，或危险因素<2个的患者，服用选择性或非选择性NSAIDs，其心血管事件的发生率<1/100人/年;而对于高龄男性，已患有心血管疾病，或存在有多个危险因素者，其心血管事件的发生率则可达到3/100人/年。不同的药物之间，在心血管危险性方面可能存在较大的差异。
肾脏
非选择性和选择性NSAIDs均存在肾毒性的问题，但在普通人群，这种副作用的发生概率远低于胃肠道副反应。NSAIDs的肾毒性主要包括以下几种不同的临床表现：肾前性氮质血症、低肾素性醛固酮减少症、高血压、钠潴留、急性间质性肾炎、肾病综合征等。
NSAIDs导致肾前性氮质血症，主要是其抑制前列腺素、影响其对肾脏有效血流量的调节作用。当肾脏灌流有下降或下降趋势者，如心功能不全、低蛋白血症、老年人等，前列腺素可以有效提高肾脏的灌流，如果前列腺素被NSAIDs抑制，就可出现水肿、高血压、急性肾功能衰竭等临床表现。
高血压
高血压是非选择性和选择性NSAIDs的常见不良反应。NSAIDs导致血压增高，可能在NSAID相关心血管风险发病机制中起到一定的作用。血压增高与NSAIDs的种类和剂量可能存在一定的关系。既往血压正常者用药后可发生高血压;已患有高血压者则可能出现病情加重;高血压已经用降压药控制平稳者，可能因为使用NSAIDs导致血压不稳定。
肝脏
肝毒性是非选择性和选择性NSAIDs的少见不良反应，除少数几个药物外，NSAIDs的肝毒性多是轻微的肝酶增高。
尽管与NSAIDs相关的肝毒性非常少见，但该不良反应却是NSAIDs不获批准或撤市的最常见原因。总的来说，肝毒性是异质性的，而且使用NSAID的肝毒性风险并不高。相比之下，对乙酰氨基酚的肝毒性可导致急性肝功能衰竭。是美国肝移植的主要原因之一。
皮肤黏膜
NSAIDs的皮肤不良反应很常见。NSAIDs的药物相关皮损目前还缺乏广泛的流行病学研究资料，但估计临床上27%的药疹是由服用NSAIDs所致。NSAIDs的皮肤不良反应大多数比较轻微，多是麻疹样皮疹，及时停药后数日即可消失。也可以表现为固定型药疹、多形性红斑、假卟啉症、光敏感等。
呼吸系统
部分患者摄入阿司匹林或NSAIDs后，可触发哮喘或鼻炎的发作，也可导致呼吸系统疾病恶化。后者与上、下呼吸道黏膜的炎症、进展性鼻窦炎、鼻息肉病及哮喘有关。阿司匹林和NSAIDs的这种反应，可能与其抑制保护性前列腺素的合成、而导致嗜酸性细胞和肥大细胞合成半胱氨酰白三烯增多有关。选择性NSAIDs上市十年以来，尚未发现其出现阿司匹林样、导致呼吸系统疾病恶化的病例，提示呼吸系统疾病患者使用昔布类药物可能是安全的。1990年代，尼美舒利在欧洲上市时，其中一个主要的特点就是没有阿司匹林样的呼吸系统副作用，可以安全地使用于呼吸系统疾病患者。
血液系统
应用NSAIDs的患者出现贫血时，首先考虑胃肠道出血或失血，需立即查明原因。
NSAIDs导致的骨髓抑制非常罕见。过去认为保泰松可以导致再生障碍性贫血，已经不在国内市场上应用。双氯芬酸可导致粒细胞缺乏症，但发生率非常低，资料显示其归因发病率为0.14/(100万人/年);95%CI，0.01～0.28。
NSAIDs对血液系统最主要的影响是抗凝作用。非选择性NSAIDs抑制血小板的COX-1，减少TBA 释放，因而抑制血小板的聚集。因此，阿司匹林和非选择性NSAIDs可以延长出血时间。如果非选择性NSAIDs与抗凝剂或阿司匹林联用使用，会明显加剧这种抗凝作用和延长出血时间。因为血小板只有COX-1，选择性COX-2抑制剂不影响血小板功能，所以如果NSAID治疗的利大于弊时，选择性NSAIDs亦可用于接受华法林等抗凝治疗的患者，但需要严密监测出凝血状态，以免出现消化道出血。另外，手术前后需要使用NSAIDs者，也是考虑选择性NSAIDs，以免增加术中或术后出血。
中枢神经系统
NSAIDs的中枢神经系统不良反应也不常见。各种NSAIDs都可能发生无菌性脑膜炎，其中服用布洛芬出现无菌性脑膜炎的报道比较多。老年患者使用吲哚美辛还有发生精神病及其他心理状况改变的风险。
