1、作为局部泻药。在灌肠后病人随液体排出粪便，可用来治疗便秘和粪便嵌塞(fecal impaction)。今天在很大程度上被口服、栓剂形式的泻药代替。泻药灌肠一般使用水(机械作用)、磷酸钠溶液(因从血液里吸水到直肠，比水更有效)或者矿物油(润滑、软化粪便作用)。 过去还有人使用肥皂水，但因容易导致结肠炎不再流行。
2、手术、检查(如结肠镜)之前用来清理肠道，一般用磷酸钠。
3、通过肠道向血管内给药。例如在病人严重恶心，口服止呕药困难的情况下。也可用来补充体液。通过肛门局部给药。例如用可的松类药物灌肠治疗炎症性肠病(inflammatory bowel disease)，以减少对身体其他部分的副作用。有时全身麻醉也可通过灌肠给药。
4、肠道造影之前用硫酸钡等显影剂灌肠。直到20世纪，有些地方(例如美国)灌肠是很常见的程序，被用来治疗发烧。另外产妇临盆之前用其引发分娩并防止分娩过程中的粪便感染，不过现在因为优点不明显而且不舒服已不常用。
