有些人因为惧怕手术，因而一拖再拖，甚至长达数十年，结果导致很多并发症发生，从临床观察，带瘘生存最常见的并发症有如下几种。
1、肛门直肠狭窄：肛瘘病变常侵犯肛门、肛管、直肠壁末端，使结缔组织增生，形成环形或半环形瘢痕，由于常年的反复炎症刺激导致瘢痕挛缩，使肛门、肛管、直肠腔道狭窄，以至大便发生变细、变扁，大便困难，甚至发生腹胀、恶心、呕吐等肠梗阻症状，临床检查时，发现肛管或者直肠有明显的瘢痕，肛门紧缩，甚至食指难以通过，个别病人在直肠末端出现瘢痕隆起，类似于直肠癌的体征，很容易误诊。有些人没有经过检查自认为是习惯性便秘，并经大量中西药治疗疗效不明显；还有些人误认为是得了肠道肿瘤而惊恐万分，实际上经临床排查是因为瘘管慢性炎症所致。
2、肛门不完全性失禁：由于肛瘘反复发作，导致肛管直肠周围肌肉和软组织广泛感染，大量结缔组织的增生、变硬，使肛门周围失去弹性，从而影响肛门的关闭功能，有时对稀便难以控制，造成了不完全性肛门失禁。
3、肛门慢性湿疹：由于肛瘘反复发作，瘘管常有分泌物溢出，长期刺激肛周皮肤，导致肛周皮肤慢性湿疹，皮肤营养不良，弹性褪变，往往形成肛周广泛的皲裂样改变，患者奇痒难忍。
4、肛瘘癌变：经临床观察与国内外文献报道，肛瘘超过十年以上容易发生癌变，一般认为与肛瘘的长期慢性炎症刺激有关。可能由于局部区域淋巴结构被破坏，导致细胞免疫监控能力降低，使瘘管组织逐渐癌变，这些病人主要表现在肛瘘外口排出黏胶状分泌物，切开瘘管后瘢痕组织脆硬易出血，当然，最后需经过病理组织才能证实。资料显示，如果肛瘘来源于肛腺，则多为腺癌。
因此，对于肛瘘应有足够清醒的认识，不能抱有幻想，因为肛瘘只有手术才是根治的办法，越早治疗损伤越小，时间越久，弊病越多，更容易出现并发症。
