何首乌作为一种中药应用于临床由来已久，既然是一味中药，具体应用时就应该遵循中医理论及其应用规律。中医认为，是药三分毒，如何控好“毒”，涉及到药品采集、炮制、配伍、用量、治病时机等诸多环节。“这不是简单的药理分析所能解释清楚的，若仅依靠药理分析来判定何首乌的是与非，显然是不严谨的
中国中医科学院中药研究所也认为，不能武断地说何首乌伤肝。药物出现不良反应与剂量和用药时间有关。中药如果超量或服用时间太长，都有可能导致不良作用。人们往往认为补益药多吃点、吃时间长点没有关系。正因为如此，何首乌经常被人们超量和长期服用，结果出现了一些肝脏检测指标不正常的情况。
从目前已经报道的不良反应来看，涉及使用含何首乌的复方制剂或是使用何首乌单方者，绝大多数与用药超量、用药时间过长有关，或者有的没按照辨证施治原则用药。极少数人在正常用药剂量和时间范围内也有可能出现某种程度的肝脏指标异常，这些人往往本身属于超敏感人群，有的会对多种药物或食物产生不良反应。
