早期生殖器溃疡与肛门病损害应与软下疳及梅毒的硬下疳和扁平湿疣鉴别：慢性溃疡或瘢痕性病变应与性病性淋巴肉芽肿鉴别。
1.硬下疳 似早期的腹股沟肉芽肿，可根据暗视野显微镜检查及梅毒血清试验加以区别。
2.性病性淋巴肉芽肿 与腹股沟肉芽肿不同之处为性病性淋巴肉芽肿主要表现疼痛性横痃，其病原体为沙眼衣原体。
3.软下疳 软下疳发病急，潜伏期2～5天，常多发，溃疡疼痛，腹股沟有痛性横痃，病程短，病原体为杜克雷嗜血杆菌，可以培养鉴定(表1)。
4.生殖器疱疹 与腹股沟肉芽肿不同，生殖器疱疹初起为多个小水疱，很快破溃成为浅表糜烂或溃疡，局部淋巴结可增大，其病原体为单纯疱疹病毒(表2)。
5.尖锐湿疣 肛周的腹股沟肉芽肿可误诊为尖锐湿疣，但组织涂片查到杜诺凡小体时可确诊。
6.阴茎、外阴、宫颈癌 一般做活检或手术后组织学检查可以鉴别。注意腹股沟肉芽肿有真皮高密度的细胞浸润，形成小脓肿，较多的浆细胞，以及巨噬细胞内的杜诺凡小体等特点。鉴别困难时可试用腹股沟肉芽肿治疗。
7.皮肤利什曼病(东方疖) 腹股沟肉芽肿发生在生殖器以外时，需要与东方疖鉴别，后者可破溃形成溃疡，愈合较慢，其病原体为热带利什曼原虫，组织病理学检查细胞内外可见较大的圆形或椭圆形利什曼-杜诺凡小体(LD小体)，应和别针状的杜诺凡小体区别。
