粪链球菌菌形圆或椭圆,可顺链的方向延长,直径0.5-1.0微米,大多数成双或短链状排列,通常不运动。在丰富培养基上菌落大而光滑,直径1-2mm,全缘,罕见色素。其营养要求低,在普通营养琼脂上也可生长。能在10℃或45℃ pH 9.6或含6.5%NaCl肉汤培养基中生长,并能耐65℃ 30分钟。它可利用精氨酸为能源,发酵山梨醇,不发酵阿拉伯糖。在简单的培养基上生长不需叶酸。
近年来,DNA-DNA杂交结果显示,肠球菌与链球菌属同源程度低,故有学者建议另立肠球菌属,与人类有关者为粪肠球菌(E.faecalis)和屎肠球菌(E.faecium)。