细菌分类学上,肠球菌属早期并不存在,现今的一些菌种本归属于链球菌属,1989年,依据Facklam和Collins的分类,肠球菌属内包括十二个种及一个变异株,它们是:
粪肠球菌(E.faecalis) 屎肠球菌(E.faecium)
鸟肠球菌(E.avium) 酪黄肠球菌(E.casseliflavus)
坚忍肠球菌(E.durans) 鸡肠球菌E.galinarum)
芒地肠球菌(E.mundii) 恶臭肠球菌(E.maladoratum)
希拉肠球菌(E.hirae) 孤立肠球菌(E.solitarius)
棉子糖肠球菌(E.raffinosus) 假鸟肠球菌(E.pseudoavium)
粪肠球变异株(E.faecalis var)。
粪肠球菌为该属中最常见的即为代表种。该属通常指粪便来的可以用氮钠分离鉴定的一群革兰氏阳性球菌。由于肠球菌的菌种均含有Lancefield的D群抗原,亦称D群粪肠球菌或D群肠球菌。肠球菌的DNA G+C含量33%-39%mol。