海瓜子本性寒凉，最好在食用时避免与一些寒凉的食物共同食用，比如空心菜、黄瓜等蔬菜，饭后也不应该马上饮用一些像汽水、冰水、雪糕这样的冰镇饮品，还要注意少吃或者不吃西瓜、梨等性寒水果，以免导致身体不适。
不能与啤酒、红葡萄酒同食
食用海瓜子饮用大量啤酒，会产生过多的尿酸，从而引发痛风。尿酸过多，会沉积在关节或软组织中，从而引起关节和软组织发炎。
皮肤病患者禁食
皮肤病患者之所以不能吃海瓜子是因为海瓜子中所含的蛋白质在进入人体后，可作为一种过敏原，对机体产生过敏反应，如发痒起块等，或使原来的皮肤病复发、加重。所以皮肤科医生视海鲜为病因之一，要求某些病人禁忌。
吃海瓜子后引起的过敏性皮肤病，多属于I型变态反应，可引起平滑肌痉挛，血管扩张、通透性增高，血浆外渗、水肿，以及嗜酸性细胞增多等。临床表现为皮肤瘙痒、荨麻疹、血管性水肿等全身症状;或使婴儿湿疹、慢性湿疹等复发或加剧。
食用海瓜子需要煮熟
海瓜子煮不熟含有细菌，海瓜子中的病菌主要是副溶血性弧菌等，耐热性比较强，80℃以上才能杀灭。除了水中带来的细菌之外，海鲜中还可能存在寄生虫卵以及加工带来的病菌和病毒污染。一般来说，在沸水中煮4-5分钟才算彻底杀菌。
