1.十二指肠溃疡穿孔 多数病人有溃疡病史。其腹痛程度较剧烈，呈连续的刀割样痛，有时可致患者于休克状态。腹壁强直显著，常呈“板样”、压痛、反跳痛明显;肠鸣音消失;腹部 X线检查可发现膈下有游离气体。惟少数病例无典型溃疡病史，穿孔较小或慢性穿孔者病状不典型，可造成诊断上的困难。
2.急性胰腺炎 腹痛多位于上腹正中或偏左，体征不如急性胆囊炎明显，Murphy征阴性;血清淀粉酶升高幅度显著;B超显示胰腺肿大，边界不清等而无急性胆囊炎征象;CT检查对诊断急性胰腺炎较B超更为可靠，因为B超常因腹部胀气而胰腺显示不清。
3.高位急性阑尾炎 其转移性腹痛、腹壁压痛、腹肌强直均可局限于右上腹，易误诊为急性胆囊炎。但B超无急性胆囊炎征象及Rovsing(罗符苯)征阳性(按左下腹可引起阑尾部位的疼痛)有助于鉴别。此外，胆囊炎的反复发作史、疼痛的特点，对鉴别诊断也有参考价值。
4.急性肠梗阻 肠梗阻的绞痛多位于下腹部，常伴有肠鸣音亢进、“金属音”或气过水声，腹痛无放射性，腹肌亦不紧张。X线检查可见腹部有液平面。
5.右肾结石 发热少见，患者多伴有腰背痛，放射至会阴部，肾区有叩击痛，有肉眼血尿或显微镜下血尿。X线腹部平片可显示阳性结石。B超可见肾结石或伴肾盂扩张。
6.右侧大叶性肺炎和胸膜炎 患者也可有右上腹痛，压痛和肌卫而与急性胆囊炎相混。但该病早期多有高热、咳嗽、胸痛等症状，胸部检查肺呼吸音减低，可闻及啰音或胸膜摩擦音。X线胸片有助于诊断。
7.冠状动脉病变 心绞痛时疼痛常可涉及上腹正中或右上腹，若误诊为急性胆囊炎而行麻醉或手术，有时可立即导致患者死亡。因此，凡50岁以上患者有腹痛症状而同时有心动过速，心律不齐或高血压者，必须作心电图检查，以资鉴别。
8.急性病毒性肝炎 急性重症黄疸型肝炎可有类似胆囊炎的右上腹痛和肌卫、发热、白细胞计数增高及黄疸。但肝炎患者常有食欲不振、疲乏无力、低热等前驱症状;体检常可发现肝区普遍触痛，白细胞一般不增加，肝功能明显异常，一般不难鉴别。
