(1)激光和电灼疗法：适用于多数的临床情况，具有准确定位，对周围正常组织损伤小，缺点：治疗深度需要熟练的操作者控制，伤口深愈合慢，尤其在外生殖器部位，伤口易出血和感染，容易出烟雾引起空气污染和医源性感染，所以需要严格的个人防护。所以对于疣体之间距离比较近、数量非常多，巨大疣体等不太适用。
(2)：微波治疗：也适用于多数的临床情况，具有准确定位，对周围正常组织损伤小，不出血和复发率低，无烟雾，无空气污染。缺点：治疗深度需要熟练的操作者控制，伤口需预防感染。巨大疣体不太适用。
(3)冷冻：适用于单发、小的病损、扁平型的临床类型，缺点：易复发，有时在病灶周围形成自体种植。
(4)光动力疗法：更适用于粘膜、皮肤组织薄嫩处如尿道口、阴道壁、外阴等，优点是安全、有效、复发率低(可清除亚临床感染)、无疼痛或轻微患者耐受性好。
