神经干细胞要真正发挥作用必须经过：到达靶部位（移行）、存活、定向增殖、建立突触联系到建立有效的突触联系（发挥功能）几个阶段。目前可以说每个阶段都存在着不小的难题，有的虽然在动物实验上取得了一定的效果，但在人体内则完全不是一回事。
1、虽然胚胎干细胞、神经干细胞在体外培养中都可以分化为神经细胞，但是分化成为有功能神经元的比例并不高，约为20~30％，而且每次人工诱导分化都存在一定程度的差异，无法做到产出细胞完全均一，目前生产的神经干细胞约为1010/L，每次使用只能5ml，在体内不能控制的环境下转化成神经元的数量就不知道了，何况还要通过迁移成为特定部位的有运动功能的神经元呢？
2、特定神经元的突触才会向特定的“靶”组织的特定细胞生长并连接，即使在最佳实验室条件下，每天的生长速度也不会超过1毫米，也就是说，可能需要很长的时间，才有可能形成神经元和“靶细胞”的连接，更主要的是现在根本还没有解决神经元定向联系的难题。
3、先前进行的移植实验，甚至临床实验，所观察到的疗效没有提供令人信服的实验依据和物质基础。与此同时，已经进行的很多临床实验都没有进行严格对照研究，也没有发现长期疗效，无法为细胞移植治疗的可靠性提供直接证据。
4、干细胞存在致瘤性是国际共识和研究焦点。北京大学干细胞中心则证实，成熟度相对高的神经干细胞移植后同样具有较高的致瘤性。宣武医院的研究表明，胚胎干细胞分化出的细胞移植后，在发挥疗效的同时，具有较强的致瘤性。从理论上讲，只要具有分裂增生能力的细胞被植入动物体，就具有形成肿瘤的可能。少量细胞移植不长瘤但可能有疗效吗？到一定数量的移植，就必然产生肿瘤，移植多少为合适无统一认识。还有究竟是什么细胞直接产生了肿瘤？这些细胞的特性是什么？如何保证干细胞分化潜能的前提下抑制其过度增殖？这一系列问题和其他问题需要等待科学家们深入研究去解决。因此，只有通过细致的临床前大动物（猴）试验，才能进入干细胞技术广泛应用于临床的新时代。
5、建立突触联系和建立有效的突触联系（发挥功能）中间还有漫长的道路去实现。实验室已经发现神经干细胞可以向损伤的神经组织发出若干个突触联系，但是如果这些突触联系不能承担有意义的功能，其结局目前仍不清楚。这也是目前神经干细胞移植临床研究普遍缺乏长期疗效观察的后果。
6、神经干细胞移植临床研究即使是短期疗效也是值得质疑的。例如，有研究显示脑瘫患者神经干细胞移植后可以改善患者的痉挛状态。其缓解痉挛的原理到底是什么？有什么样的实验室依据？患者痉挛状态的改善程度到底有多大？此结果经得起随机对照盲法的检验吗？我们知道有时患者的心理状态也可以影响患者的痉挛程度……
7、长期疗效的观察目前还很缺乏。
总之，神经干细胞移植目前在临床上还是一项很不成熟的治疗技术。其临床应用主要目的是研究该技术的可行性以及疗效观察，应当严格选择患者、采用科学的研究方法，重点在于研究，适合在技术力量较强的研究机构（与临床相结合）开展。这需要卫生主管部门加强监督管理，并实行技术准入制度。针对目前部分医院以干细胞移植为“噱头”，夸大干细胞移植的治疗效果，甚至将其发展成为收费项目，值得患者警惕。
