目前临床使用的慢性乙肝抗病毒药物有七类，即：α干扰素，包括普通干扰素和聚乙二醇干扰素（短效干扰素、长效干扰素）；核苷（酸）类似物，包括拉米夫定、阿德福韦、替比夫定、恩替卡韦和替诺福韦。
干扰素有固定的疗程，一般推荐一年；但有效率较低，尤其是中国患者（由乙肝病毒基因型决定），停药后的持久应答率为20%至40%；而且需要注射给药，不良反应也较常见。
核苷（酸）类似物是口服制剂，易于给药，控制病毒复制的能力更强，而且副作用较少。然而，这些药物有两个缺点：一是需要长期服用，很难规定停止服用的时间；二是长期使用会增加产生耐药变体的风险，一旦产生耐药，就需要改变治疗方案。因此，耐药性变异发生率低的恩替卡韦和替诺福韦现在被推荐为首选的口服抗病毒药物。
此外，许多国家和国际肝病专家正在进行干扰素和口服抗病毒药物之间的各种组合研究，但目前还没有成熟的方案可以推广。
由于目前的治疗药物还不能治愈乙肝，因此治疗药物的选择和治疗期间的随访就成为关键。建议乙肝患者选择有经验的肝病专家，定期随访，充分沟通，以提高抗病毒治疗的效果。
