小肠癌的另一危险因素为克罗恩病(Crohn's disease)，一项Meta分析的结果表明，克罗恩病发生小肠癌的危险性增加27倍，如果同时吸烟更增加其风险。伴有克罗恩病的小肠腺癌与散发性小肠腺癌的不同在于：(1)常侵及回肠，而不是十二指肠;(2)发病年龄比一般小肠腺癌的高发年龄提前10~20岁;(3)常见表现为多发病灶。
目前我们对于小肠腺癌的发病机制所知甚少。小肠介于胃和结肠之间，且小肠粘膜上皮细胞的更新速度与结肠上皮相似，但小肠癌明显比胃癌和结肠癌少见，与结肠癌的发病率之比大约为1:40。综合小肠肿瘤发生率低的原因可能有：(1)肠内容物为碱性且通过较快，减少了肠粘膜与致癌物质的接触和机械性刺激;(2)小肠内细菌量少，因而致癌物质的形成减少;(3)存在保护性酶，使潜在的致癌物质被戒毒;(4)肠粘膜中含有高浓度的免疫球蛋白a，可中和潜在的致癌病毒;(5)胚胎发育过程中肠的形成较晚，避免了不典型组织的种入。
