在人的口腔里(包括舌苔上)生长有各式各样的细菌、霉菌等微生物，它们平时互相制约，保持着一定的平衡状态，对人的健康也没有什么妨碍。如果因为疾病的需要，应用了大量多种广谱抗生素，那么这些微生物的平衡状态就会被打破。一些对抗生素比较敏感的细菌被杀灭，而相对不怕这些抗生素的霉菌却乘机大量生长。由于霉菌大都会产生各种颜色，因而就可在舌头上出现从棕色到黑色的各种苔色，停用抗生素后可以自然恢复。
然而也有人并没有用过抗生素而出现黑苔。例如有些长期发热的人，可出现焦黑苔，中医认为是热极化火，火把舌苔“烤焦”了而形成黑苔。有一些慢性病，例如尿毒症、恶性肿瘤等，在病情恶化时也会出现黑苔，这是病情危急的征象。
还有一种情况，当精神处于高度紧张的状态时，也会出现黑苔。例如，怀疑自己患癌的“恐癌症”病人，有的没有几天舌苔就黑了，舌根部苔很厚甚至像毛发那样由后向前倾倒，等到检查后排除了癌肿，思想顾虑解除了，常可以无药而愈，黑苔自然消失。有人解释，在精神紧张时，口腔内酸度增加，有利于霉菌的生长。
此外，某些慢性病人出现肾亏症状(如腰膝酸软、头晕、耳鸣、性功能低下)时，有时也可见到黑苔，经过治疗，“肾亏”好转，黑苔也会自然消失。
