斑秃的发病机理目前尚不完全清楚，多数人是由于过度精神紧张和机体劳累引起，但也有的人没有这些原因。从医学上讲与自身免疫有一定的关系。其病因不明，但情志抑郁、内分泌障碍等，常易引发此病。
此病可能因高级神经中枢功能障碍，引起皮质下中枢及植物神经功能失调，使毛乳头血管痉挛，毛发营养障碍而导致脱发，如遭受强烈的精神刺激，过度疲劳等，可突然发病或加重病情。
对有过敏背景的斑秃，则可能是一种自体免疫性疾病，除真皮有血管炎和血管周围炎外，其毛囊血管分支亦有血管炎表现，血管被破坏，造成血管网减少，血量供应不足，致使毛发脱失。经免疫学研究，这种斑秃可出现抗甲状腺球蛋白、抗肾上腺细胞、抗甲状腺细胞等抗体，而无抗毛囊抗体，故认为是一种自体免疫性血管炎性秃发。
目前还不能肯定斑秃就是自身免疫性疾病，但因可伴发自身免疫性疾病，对皮质激素暂时有效等，至少提示在某些病例中可能包含自身免疫因素。此外，内分泌障碍、病灶感染、肠道寄生虫等，也可能为致病因素。
