亚急性甲状腺炎有多种治疗措施，包括硫脲类药、促甲状腺激素及抑制剂量的甲状腺激素。采用这些药物影响疾病过程的证据尚不能令人认同。
治疗包括两方面：减轻局部症状和针对甲状腺功能异常影响。
一般来说，大多数病人仅对症处理即可。对轻型病例采用阿司匹林或其他止痛药。如用对乙酰胺基酚或用水杨酸盐可控制症状;病情严重病例，如疼痛、发热明显者可短期用其他非类固醇抗炎药，或应用糖皮质类固醇激素，如泼尼松，可迅速缓解临床表现，约有5%的患者需用皮质激素来减轻症状，持续用药1～2周甚或4～8周以后减少药量，共用6～8周。如病人在用泼尼松24～48h无反应，亚急性甲状腺炎的诊断应再评定。
在治疗中随查血沉改变，可指导用药如病情需要，再次开始用泼尼松仍然有效，然而皮质激素并不会影响本病的自然过程，如果皮质激素用后撤减药量过多、过快，反而会使病情加重。
也有人提出，如果糖皮质激素连续使用，所用剂量以使病人不出现症状，直至其放射性碘摄取率恢复正常，可能避免病情复发病人伴有甲状腺功能亢进时一般不采用抗甲状腺药治疗，通常采用非特异的药物，如口服阻滞剂普萘洛尔。因本病伴甲亢是暂时的，且甲状腺摄碘率低不是放射碘治疗的指征。这些药破坏甲状腺激素的合成，但亚急性甲状腺炎血中过多的甲状腺激素是来源于被破坏了的滤泡漏出的T4和T3，而不是由于合成和分泌增多所致，无需使用硫脲类抗甲状腺药。本病的甲减期也常是暂时的，通常甲减症状不多，所以不需甲状腺激素替代治疗，此时TSH分泌增加对甲状腺功能的恢复是重要的。除非病人甲减症状明显，甲状腺激素治疗应当禁忌。
伴甲减病情轻者无需处理。但也有人主张有甲状腺功能低减时，可用甲状腺制剂如L-型甲状腺素钠，可防止由TSH升高引起的病情再度加重。病情较重者，可用甲状腺激素替代一段时间。约有10%的患者可发生永久性甲状腺功能低减，需要长期甲状腺替代治疗有称中药对本病急性期有较好的治疗效果。
