隐球菌侵入人体的部位不同，临床表现亦不相同。
1.皮肤黏膜隐球菌病 10%～15%的隐球菌病患者出现皮肤损害，原发型较为少见，继发型多由系统性感染经上行播散而来。
(1)皮肤损害：表现为丘疹，水泡，脓疱，传染性软疣样丘疹，痤疮样脓疱;皮下组织肿块，浸润性结节，脓肿，蜂窝组织炎，水痘样皮疹，疖肿样损害，紫斑，疣状增殖，溃疡等,无特征性，表面可覆以粘性渗出性薄膜。
(2)黏膜损害：常发生在软腭，硬腭，舌扁桃体，牙龈，鼻中隔或咽部，上颌窦等处，由血行播散而来，或自皮肤扩展引起，表现为结节，肉芽肿或慢性溃疡等。
2.中枢神经系统隐球菌病 隐球菌侵犯中枢神经系统最常见，临床上可分4型。
(1)脑膜炎型：最常见，可呈急性，亚急性或慢性过程，表现为脑膜炎的症状，体征，起病多较缓，开始可为上呼吸道感染症状，轻度头痛，低热，体温波动在37.5℃～38℃，以后头痛逐渐加重，少数也可开始即现剧烈头痛，高热，伴恶心，呕吐，脑膜刺激征一般较明显，锥体束征多较轻且出现较晚。
(2)脑膜腔炎型：除脑膜受累外，尚有脑实质受累，故称为隐球菌性脑膜脑炎，隐球菌可侵犯大脑，小脑，桥脑或延脑，因脑实质受累部位的不同而有相应的脑灶性损害征象性癫痫发作等。
(3)肉芽肿型：较少见，是新生隐球菌侵犯脑实质后形成的一种炎症性肉芽肿病变，好发于大脑，小脑和脑干的脊髓部位，位于脑实质内的肉芽肿，可表现为脑部占位性病变的症状体征。
(4)囊肿型：由隐球菌刺激脑膜形成囊肿所致，蛛网膜可明显增厚，蛛网膜腔内可形成单个或多个囊肿，囊肿内为无色透明的液体，表现为颅内占位性病变。
3.肺隐球菌病 肺部是隐球菌侵入的门户 原发性肺部感染一般症状较轻，约有1/3病例无症状，又有自愈倾向，初发常有上呼吸道感染的症状，继而表现为支气管肺炎，可有咳嗽，咳痰，胸部隐痛，痰中可有多量菌体。
4.其他部位的隐球菌病 包括骨和关节以及前列腺，肝，脾，淋巴结等组织器官均可累及，但都较为少见，或常伴发于中枢神经系统隐球菌病及肺隐球菌病。
根据临床表现，真菌学检查—般可确诊，对于中枢神经系统性隐球菌病，采用胶乳凝集试验等方法检查隐球菌多糖抗原对早期诊断有较大参考意义。
