1、抗真菌药物治疗：
根据病变部位和患者的免疫状态的不同，隐球菌病的抗病原治疗有差异。无明显免疫缺陷的肺隐球菌病患者通常无需抗真菌治疗而很快自愈。其他部位的隐球菌病，尤其是中枢神经系统隐球菌病和有免疫缺陷的肺隐球病患者，如艾滋病等，或同时有肺外隐球菌病，以及肺隐球菌病进行性加重时，均应进行抗真菌治疗。
2、对症治疗
(1)降低颅内压：常用20%甘露醇，亦可用人体白蛋白、50%葡萄糖加速尿，静脉用药。与甘露醇交替应用，可加强降压效果。对顽固性颅内高压内科治疗无效者，可用脑室引流方法来减压。
(2)纠正电解质紊乱：中枢神经隐球菌病患者，由于应用两性霉素B对肾功能的损害，且大量使用脱水利尿药物，易造成低血钾症，亦可出现低钠和低氯血症，均应及时补充。
3、支持疗法
(1)营养支持：中枢神经系统隐球菌病患者体质不佳，很难耐受时间长、毒副作用明显的抗真菌疗法，是导致不能完成疗程的重要原因。因此，应尽力保证病人的营养需要。对清醒患者鼓励其进食高热量、高蛋白、高维生素食物。不能进食者，经鼻饲或静脉途径提供，辅以白蛋白等血制品，以维持体力。
(2)免疫促进剂治疗：细胞免疫功能障碍常是新型隐球菌致病的基础。可选用如脑腺肽(素)、γ-干扰素等细胞免疫促进剂来辅助治疗。
4、手术治疗：
对局限性的皮肤、肺、骨隐球菌病及脑隐球菌肉芽肿等，在抗真菌药物治疗的同时，可采用手术切除的方法来清除病灶，达到根治。
