脾脓肿的治疗应包括全身治疗与局部处理两个方面。全身治疗主要包括应用广谱、高效、敏感的抗生素以及全身支持治疗。
一般选择三代头孢菌素和甲硝唑联合用药，并应注意真菌感染问题。如有细菌学培养结果，则及时调整用药。脾脓肿的局部治疗原则上脾脏如能切除，自应设法切除之，如因脾周围有过多的致密粘连而切除不易，也可以考虑脓肿的切开引流。
通常此等病例大概先作左上腹经腹直肌切口进行探查，将会发现脾脏周围有程度不等的粘连。也可作上腹部的横切口，以减少术后创口崩裂的危险。粘连能分离者应分离之，然后将整个脾脏予以切除。如粘连过于致密不易分离，脾脏切除困难，或者病人全身情况差不能耐受手术，则可以在粘连最多之处(一般即是脓肿最表浅部位)进行穿刺，一旦抽得脓液便可在该处切开引流，将引流物从另一腹壁戳口直接引出体外，而原切口则可以一期缝合。应该再强调：脾脓肿以脾切除为上策，切开引流只有在不得已时偶尔为之。
对部分单发脓肿，估计脓液较为稀薄的，可考虑在超声引导下经皮脓肿穿刺置管引流，并每天用生理盐水和抗生素冲洗，待症状、体征消失，脓腔闭合后，拔除引流管。如引流治疗失败，应及时转为手术治疗。
