1、感染：患者接受造血干细胞移植后，由于免疫功能的抑制，发生感染的机会明显增加，发生率50％～80％。感染病变可能发生在身体的任何部位，可能来自移植操作的并发症、潜在的感染病原体激活、环境中接触的新病原体。引起感染的病原体包括细菌、真菌、病毒、寄生虫等。感染仍是目前影响移植个体长期存活的主要因素之一。
2、移植失败：是造血干细胞移植最严重的早期并发症之一。由于移植物未能成功植入，造血重建失败，临床呈现患者全血象严重减低伴骨髓空虚或增生减低，感染、出血并发症重，处理困难，死亡率高。但随着移植技术的不断进步，目前移植失败的发生率已降低至5％以下，甚至更低。
3、移植物抗宿主病（GVHD）：是造血干细胞移植的主要并发症和死亡原因，它的发生与供受体之间的免疫遗传学差异有关。GVHD通常分为急性GVHD和慢性GVHD。急性GVHD主要累及皮肤、肠道和肝脏，临床表现为皮疹、腹泻、肝功损伤。慢性GVHD是一种类似自身免疫性疾病的全身性疾病，常累及多个器官。
4、出血性膀胱炎：是造血干细胞移植的常见并发症之一，是由于预处理所用化疗药物损伤膀胱粘膜所引起的，临床表现为不同程度的血尿，多数患者经过大量输液、碱化尿液等治疗后可以痊愈。由于目前移植过程中应用药物预防，出血性膀胱炎的发生率和严重程度都降至较低水平。
5、远期合并症：主要涉及呼吸道和肺部疾病、甲状腺功能减退、性腺机能减退、白内障、继发第二肿瘤等等。这些合并症主要由于移植过程中的放疗、化疗等毒副作用所致，发生率并不高。
