化脑的预后与早期确定致病菌和选择合适的抗生素治疗密切相关。
经脑脊液检查初步确诊后，应尽快静脉注射适当和足够的抗生素，最好是杀菌药物，并根据病情按计划完成整个疗程，不减少药物剂量，不改变给药方法。如果致病菌不明确，是由于诊断不明确时不适当地使用抗生素所致。在流行季节的大龄儿童，应考虑脑膜炎的原因，瘀斑和瘀点比较可疑。可以用青霉素、氨苄青霉素、磺胺类药物治疗，然后根据反应情况高速用药。如果不能确定病原体，尤其是婴幼儿，应先用病因不明的化脑治疗，待确定病原体后再换药。目前建议使用第三代头孢菌素，如头孢噻肟、头孢美肟或第二代头孢菌素，如头孢呋辛。
当治疗效果满意，体温在3天左右下降，症状减轻，脑脊液细菌消失，细胞数明显减少，其他生化指标相应改善时，可继续用原药治疗，2周后复查脑脊液。如果对治疗反应不佳，应及时进行腰椎穿刺，观察脑脊液的变化，以确定所用药物是否合适，并酌情调整治疗方案。
鉴于化脑是一种严重的中枢神经系统感染，其预后与治疗密切相关，应严格遵守停药指征，即疗程结束时症状消失，发热减少一周以上，脑脊液细胞计数小于20×106/l，单核细胞，蛋白和糖水平恢复正常（化脑停药指征见单独章节）。一般来说，完全达到这些标准需要不到8至10天，超过一个月，平均约为2至3周。
