局限性 GIST， 原则上可直接进行手术切除; 不能切除的局限性 GIST， 或接近可切除， 但切除风险较大或可能严重影响脏器功能者,宜先行术前分子靶向药物治疗,待肿瘤缩小后再行手术。
位于胃的最大径线≤ 50px的无症状拟诊 GIST， 应根据其超声内镜表现确定风险分级; 不良因素为边界不规整溃疡强回声和异质性 如合并不良因素， 应考虑切除; 如无不良因素,可定期复查超声内镜 对于位于直肠的 ＜ 50px 的 GIST， 由于恶性程度较高， 且肿瘤一旦增大， 保留肛门功能的手术难度相应增大， 倾向于手术切 除。
对于复发或转移性GIST， 分为以下几种情况， 需区别对待： 未经分子靶向药物治疗， 但估计能够完全切除且手术风险不大， 可以考虑手术切除并联合药物治疗；分子靶向药物治疗有效，且肿瘤维持稳定的复发或转移性GIST，估计所有复发转移病灶均可切除的情况下， 建议考虑手术切除全部病灶；局限性进展的复发转移性 GIST， 鉴于分子靶向药物治疗后总体控制满意，只有单个或少数病灶进展，可以考虑谨慎选择全身情况良好的患者行手术切除; 术中将进展病灶切除， 并尽可能切除更多的转移灶， 完成较满意的减瘤手术；在分子靶向药物治疗过程中仍然广泛性进展的复发转移性 GIST， 原则上不考虑手术治疗；姑息减瘤手术只限于患者能够耐受手术并预计手术能改善患者生活质量的情况。
急诊手术适应证： 在 GIST 引起完全性肠梗阻消化道穿孔 保守治疗无效的消化道大出血以及肿瘤自发破裂引起腹腔大出血时， 须行急诊手术。
