在我国，肛瘘的发病率占肛肠疾病的1.67%-3.6%，由于其临床表现和病因的多样性，临床治疗方式和效果也有不同的报道，但手术是根治肛瘘的唯一疗法。肛瘘治疗原则的缩写是SNAP，分别代表感染、营养、解剖和方法。肛周的解剖结构很复杂，瘘管的开口和走向往往界定不清，如果瘘管识别错误或残留分支，会导致复发。最后，选择正确的手术方法是成功治疗的关键。瘘管不会自行愈合，不治疗可能会导致病情恶化。此外，一旦诊断出瘘管，需要尽快治疗。如果不及时治疗，瘘管往往会反复脓肿发作，瘘口暂时封闭，长期慢性感染会形成复杂的肛瘘；病人可能会出现疼痛、出血、大便失禁、蜂窝组织炎，甚至全身性败血症。
在手术治疗的原则中，既要减少肛门括约肌的损失以保护肛门功能，同时又要彻底清除感染源以达到根治的目的。因此，如果在治疗中追求治愈率，就会出现高的肛门失禁率；而为了降低失禁率，就会造成低的治愈率。在临床工作中，肛瘘的手术治疗往往与术后复发和肛门失禁有关。因此，保留括约肌的手术已成为治疗肛瘘的主流术式，因为它可以在最大限度保护肛门功能的前提下治愈肛瘘。例如，经括约肌瘘管结扎、直肠推移皮瓣、生物材料填充等在肛瘘的手术治疗中取得了成功。
