引起口腔溃疡的原因有多种，并不只是因为上火。
口腔溃疡中最常见的类型是外伤性溃疡，多是因为口腔被牙齿咬伤后发展成溃疡，这可能是因为牙齿排列不整齐导致的，这类溃疡，只要去除引起外伤的原因，伤口一般在一个星期内会愈合。
除了外伤，还可能是消化系统出现疾病，主要是通过影响免疫系统而致病。容易引起口腔溃疡的消化系统疾病是胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等。研究表明30%-48%的口腔溃疡患者有消化道疾病，如腹胀、腹泻或便秘等情况。其中9%以上有消化道溃疡。
如果身体缺乏某种营养素，同样会诱发口腔溃疡，像微量元素锌、铁，缺乏叶酸、维生素B12，或者患者本身有营养不良，免疫力低下，就会提高患上和复发口腔溃疡的几率。
细菌感染也是诱发口腔溃疡的原因，常见的是链球菌和其他病毒，经常让口腔溃疡经常复发。
如果父母双方都患有复发性的口腔溃疡，则子女有很大的几率同样患病，几率高达80%-90%，如果双亲中一方经常有口腔溃疡，则子女染病的几率约50%-60%。
