1、原发性硬化性胆管炎(PSC)
PSC在表现上可与胆管癌混淆。然而，最受关注的问题在于如何确定PSC患者是否新伴发胆管癌。管周浸润型(PI型)胆管癌可能产生跳跃性病变，与PSC中表现的多处狭窄非常相似。对于PI型胆管癌，病变通常局限于胆道系统的某一部分，但对于PSC患者，病变通常弥漫分布于整个胆道系统。PSC患者新发胆管癌可在其临床状况的变化中有所预示，如出现黄疸或CA19-9浓度增高超过100IU。影像检查可检测出肿块，组织活检可能对诊断提供帮助，但阳性的几率很小。PET-CT的诊断作用也有待进一步验证。
2、肝癌胆管癌栓
原发性肝癌伴胆管癌栓,特别是原发病灶不明显的患者，与肝门部胆管癌，尤其是腔内生长型的在影像上可能有一定的类似处，都可以表现为肝门部的胆管梗阻，胆管腔内有充盈缺损。但实际上如果注意到患者有慢性肝炎、肝硬化的既往病史，实验室检查多伴有AFP升高、肝炎病毒学检查呈阳性，CT/MRI可见脾增大及肝硬化的其它表现，诊断起来并不困难(见下图)。
3、嗜酸性胆管炎和淋巴浆细胞增多性胆管炎
嗜酸性胆管炎是一种罕见的炎性实性占位，通常认为是由过敏性原因所致，因为在炎性组织周围可见大量的嗜酸性粒细胞。有人认为嗜酸性胆管炎是嗜酸性消化道(GI)炎症的一种，可影响GI的其他部分，包括胃和胰腺。狭窄病变可以较长且多发，因此与PSC相似。嗜酸性胆管炎患者对全身类固醇给药反应良好。类固醇给药既可以是治疗方案也可以作为诊断试验。淋巴浆细胞增多性胆管炎具有自身免疫性疾病的特点，影响胰腺的情况更为常见。这一疾病的某些特点与PSC相同。
4、良性炎性肿瘤
良性炎性肿瘤，也称为肝脏炎性假瘤、良性纤维化性疾病和肝门处假恶性瘤等。肿块由慢性炎性细胞和纤维化组织构成。良性炎性肿瘤最常见于肝外上段胆管，也见于肝内，最少见于下段胆管。
良性炎性肿瘤与肝门部恶性胆道阻塞相似，会造成黄疸。出现症状的平均年龄为50岁，即比典型胆管癌患者出现症状的平均年龄小10岁。仅根据症状表现和肝功能测试无法区分炎性肿瘤无法与局灶性恶性狭窄。除非发生胆管炎，否则血清CA19-9浓度通常正常或轻度增高。然而，恶性狭窄患者中约有20％的血清CA19-9浓度也正常。如果检测到高浓度的CA19-9或存在血管浸润，那么确定胆管癌则比较容易，如果缺乏这两项指标，想要鉴别良性炎性肿瘤和胆管癌是非常困难的。
这种良性炎性肿瘤占所有肝门肿瘤发病率的13％-24％。目前与胆管癌的治疗方式相同――进行手术切除。如果不能确定诊断，可在术中对病变处直接活检，使得医生可将切除范围局限于胆管即可。未能明确可导致不恰当的治疗，如长期放置支架或肝切除术等。
5、胆石症和胆总管结石病
胆总管结石可被误认为胆管癌。发生Mirizzi综合征时，发炎胆囊的胆囊颈处结石可压迫胆总管，引起黄疸、发热和胆绞痛也比较常见。放射学检查，胆总管结石的狭窄通常位于中段胆管，平滑狭长并弯曲向左凸。阻塞处的结石通常与狭窄处毗邻。可通过MRI或将直接胆管造影术与超声相结合观察。病变也可存在单独右肝管狭窄。
如果造影剂可通过结石的一侧，那么下段胆管末端结石胆管造影术中表现为胆管狭窄。这种类型的结石嵌塞可引起炎性肿块，增加了肿瘤的可疑性。如通过MRI、术中超声或触诊检测到结石可以确诊。胆道内多处小型结石可能会与IG型胆管癌混淆。鉴别诊断的依据在于肿瘤在增强CT中图像会增强，而结石在胆管造影术中倾向于表现为平滑的多面体。
6、胆管腺瘤
胆管腺瘤是一种罕见的良性肿瘤，但很容易与局灶性IG型肿瘤(乳头状胆管癌)相混淆。事实上，腺瘤可能恶变为乳头状胆管癌，发生于其他部分的腺瘤也是如此。这类肿瘤特征性表现为黄疸或胆绞痛，可呈息肉状，并随体位移动。MRCP和CT影像上可见有胆管内的充盈缺损。如果怀疑为腺瘤，治疗方案可选择局部胆道切除术。
7、胆囊癌
胆总管中段胆道恶性狭窄最常见的病因并不是胆管癌，而是胆囊癌压迫或侵袭引起的。患者可表现为无痛性或相对无痛性黄疸，这与胆管癌相似。如在胆囊检测到胆石，或者胆囊壁增厚(有时呈离心性肥厚)，尤其是胆囊增大的患者伴有胆管中段狭窄，高度怀疑为胆囊癌侵犯胆管或胆囊管癌。肿瘤侵入胆囊床附近的肝脏也可增加胆囊癌而非胆管癌的可疑性。过去认为一旦胆囊癌已经侵袭并阻塞胆管，其预后情况往往很差。但我们的经验是如果有根治的机会，其预后较好。
8、胆道神经内分泌肿瘤
这是一种罕见的增长缓慢的肿瘤，可有黄疸。小型肿块可呈现动脉相增强。通常只需实施肿瘤和胆管的局部切除术。
9、粒细胞肿瘤
这些肿瘤可能源于施旺氏细胞，发生于胆道系统的病例非常罕见。胆总管或左右肝管汇合处肿瘤可引起胆道阻塞。治疗方法包括手术切除，预后较好。
10、胆管肉瘤
这是一种非常罕见的肿瘤，通常为胚胎性横纹肌肉瘤或平滑肌肉瘤，可出现黄疸，可发现肿块。
11、淋巴结
肝门部淋巴结可因恶性肿瘤或炎症反应而增大，增大的淋巴结可能压迫胆管造成黄疸。尤其是胃癌，常有淋巴结转移到肝十二指肠韧带造成胆管压迫。这部分病人有的可有AFP明显升高，常规的胃镜检查一般不难诊断。
12、门脉高压性胆管病变
这类患者往往都是有长期肝硬化、门脉高压症的病史。黄疸和肝内胆管扩张的不明显，而且可能病史较长，临床症状有波动(时重时轻)。影像学检查没有明确的胆管梗阻表现。一般肿瘤标记物不会升高。这类病人处理一定要谨慎，一旦当做肝门部胆管癌进行手术，局面将会很被动。
