患有子宫内膜异位症，超声检查发现卵巢上有巧克力囊肿，很多患者问是否可以观察，或用药物治疗，或用抽吸法取出腹腔积液。目前协和医院和国际上的共识是，如果子宫内膜异位症从未接受过治疗，从未进行过手术，腹腔积液超过4厘米，或有严重痛经，或有 证据表明生育能力受损的患者，卵巢巧克力囊肿的首选治疗方法仍然是手术，理由如下：
1.一旦子宫内膜异位症形成一定大小的囊肿，即巧克力囊肿，药物治疗并不敏感，临床上很难，甚至不可能用药物消除囊肿。如果看到广告或信息说有偏方、草药或什么药物灌肠可以承诺消除巧克力囊肿，一定要注意甄别，但确实有患者说，我的囊肿很小，吃了神医开的药就消失了，那么可以大致判断，这个囊肿很可能不是巧克力囊肿，而是生理性囊肿，这在成年女性中很常见，一般来说，不需要任何治疗，3---。
2.有的患者害怕手术，拒绝手术，不知不觉中囊肿可能 "养 "得很大，粗大的囊肿不积极治疗，极易发生在月经期前后自发破裂，类似急腹症，迫使患者紧急就医。个别医院对这种新型急腹症的治疗缺乏经验，对这种新型急腹症认识不足，通常为患者实施剖腹手术，而此时的囊肿多伴有严重的炎症反应，手术时不易将囊肿剥离干净，甚至导致一侧卵巢完全切除，患者的损失比较大。
3、医生给出的巧克力囊肿的诊断只是一个粗略的诊断，并不是每个患者肚子里的囊肿都是巧克力囊肿，它很可能是性质更恶劣的肿瘤，或者对身体危害更大，更影响身体健康的肿瘤，手术时，要能切除肿瘤，进行病理检查，这才是确认肿瘤性质的唯一金标准。
4.腹腔镜与卵巢子宫内膜癌、透明细胞癌关系密切，腹腔镜恶变率约为1%，手术可以排除腹腔镜恶变，或避免夜长梦多，避免病程长，囊肿性质的改变。
5.手术可以更彻底地切除盆腔包块，缓解痛经，提高患者的生活质量。
6.对于有不孕问题的患者，术后可提高怀孕率，多数患者术后半年可自然怀孕。
对于术后复发的腹腔疾病，如果患者对再次手术有顾虑，可以考虑在超声引导下抽出腹腔积液，同时用药物治疗子宫内膜异位症，以减少复发，但腹腔恶性肿瘤基本例外。
