非軍團菌細菌性肺炎：軍團菌肺炎的肺部及肺外表現，在其他細菌性肺炎中亦很常見，而細菌性肺炎的種類很多，表現形式多種多樣，老年人肺炎更不典型，更為複雜，相互間誤診就不足為奇。臨床上可以憑經驗及早採取相應的治療措施，要確診就必須採用特殊的檢測方法。
支原體肺炎：某些輕症軍團菌肺炎，全身中毒症狀輕，以乾咳為突出表現，加上肺部X線表現亦與支原體肺炎很近似，易誤診為支原體肺炎。好在這兩種肺炎治療措施相同，都是以紅黴素作首選，療效均顯著，一旦有了療效，醫生往往也不在探究病因的診斷，易互相誤診。
肺結核和結核性胸膜炎：臨床上典型的肺結核診斷一般不難，少數病例表現為起病急，高熱，全身中毒症狀重，與軍團菌肺炎不易鑑別。有胸腔積液的軍團菌肺炎，易誤診為結核性胸膜炎，臨床表現相似。近幾年結核病的發病率明顯增高，軍團菌感染亦很普遍，互相誤診的概率增大。
以神經、心臟、消化系統為突出表現的軍團菌肺炎，注意與腦部感染、心肌梗死、心肌炎、消化系統感染等疾病相鑑別，只有做一些相應的專科檢查可區別出來，而當這些疾病併發了肺部感染或其他損害時，給診斷造成很大困難，易相互誤診。
病毒、黴菌、立克次體性肺炎：這些肺炎臨床症狀輕重不一，併發症也錯綜複雜，有時與軍團菌肺炎很相似，都可以有呼吸系統及肺外的一系列表現，單靠經驗判斷很難鑑別，必須靠病原學檢查確診。
