(1)肺結核 多有全身中毒症狀，如午後低熱、盜汗、疲乏無力、體重減輕、失眠、心悸等。X線胸片見病變多在肺尖或鎖骨上下，密度不勻，消散緩慢，且可形成空洞或肺內播散。痰中可找到結核桿菌。一般抗菌藥物治療無效。
(2)肺癌 多無急性感染中毒症狀，有時咯血或痰中帶血絲，可伴發阻塞性肺炎，經抗生素治療後效果可能不佳。影像上可見肺門淋巴結腫大或出現肺不張。若經過抗生素治療後肺部炎症不易吸收，或暫時吸收後於同一部位再次出現肺炎，應密切隨訪。對有吸菸史及年齡較大的患者，必要時可進一步行胸部CT、支氣管鏡和痰脫落細胞等檢查以明確診斷。
(3)急性肺膿腫 早期臨床表現與肺炎鏈球菌肺炎相似。但隨著病程病程進展，可咳出大量膿臭痰，為肺膿腫的特佂。X線胸片顯示膿腔及氣液平，易與肺炎相鑑別。
(4)肺血栓栓塞症 多有靜脈血栓形成的危險因素，如血栓性靜脈炎、心肺疾病、創傷、手術和腫瘤等病史，可發生咯血、暈厥，呼吸困難等症狀，X線胸片示區域性肺紋理減少，有時可見尖端指向肺門的楔形陰影，動脈血氣分析常見低氧血癥及低碳酸血癥。D-二聚體、CT肺動脈造影、放射性核素肺通氣/灌注掃描和MRI等檢查可幫助進行鑑別。
(5)非感染性肺部浸潤 還需排除非感染性肺部疾病，如肺間質纖維化、肺水腫、肺不張、肺嗜酸性粒細胞浸潤症和肺血管炎等。
