1、不生吃未熟青果：青澀未熟的小番茄如一般番茄一樣，含有番茄鹼，吃了容易中毒。生食後會使人頭昏、噁心、嘔吐，嚴重時甚至可致死。
2、吃前一定注意要淨泡15分鐘，洗乾淨，然後食用，小番茄一般是溫室培育，農藥很多。
3、不宜空腹吃食：因為番茄果實中含大量果膠和木棉酚等成分，易與胃酸形成不溶性塊狀物，引起胃擴張和劇痛。孕婦空腹吃小番茄引起腹痛和胃痛，不僅自己受苦，如果在孕早期，還可能引發流產。
4、小番茄性寒，所以有胃寒者忌食生冷番茄。
5、烹調時不要久煮。燒煮時稍加些醋，則能破壞其中的有害物質番茄鹼。
6、急性腸炎、菌痢及潰瘍活動期病人不宜食用。
