1.飲食不足
嬰兒進食太少時，消化後液體吸收，餘渣少，致大便減少，變稠，奶中糖量不足時腸蠕動弱，可使大便乾燥，飲食不足時間較久引起營養不良，腹肌和腸肌張力減低甚至萎縮，收縮力減弱形成惡性循環，加重便秘。
2.食物成分不當
大便性質和食物成分關係密切，如食物中含大量蛋白質而碳水化合物不足，腸道菌群對腸內容物發酵作用減少，大便易呈鹼性，乾燥;如食物中含較多的碳水化合物，腸道發酵菌增多，發酵作用增強，產酸多，大便易呈酸性，次數多而軟;如食入脂肪和碳水化合物都高，則大便潤利;如進食大量鈣化酪蛋白，糞便中含多量不能溶解的鈣皂，糞便量多，且易便秘;碳水化合物中米粉，麵粉類食品較穀類食品，易於便秘;小兒偏食，許多小兒喜食肉類，少吃或不吃蔬菜，食物中纖維素太少，也易發生便秘。
3.腸道功能失常
生活不規律和不按時大便，未形成排便的條件反射導致便秘很常見，另外學齡兒童常因無清晨大便的習慣，而上課時間不能隨時排便，憋住大便也是導致便秘的常見原因，常用瀉劑或灌腸，缺少體力活動，或患慢性病如營養不良，佝僂病，高鈣血癥，皮肌炎，呆小病及先天性肌無力等，都因腸壁肌肉乏力，功能失常而便秘，交感神經功能失常，腹肌軟弱或麻痺也常使大便秘結，服用某些藥物可使腸蠕動減少而便秘，如抗膽鹼能藥物，抗酸藥，某些抗驚厥藥，利尿劑以及鐵劑等。
4.體格與生理的異常
如肛門裂，肛門狹窄，先天性巨結腸，脊柱裂或腫瘤壓迫馬尾等都能引起便秘，應進行肛門，下部脊柱和會陰部檢查，有的患兒生後即便秘，如有家族史可能和遺傳有關。
5.精神因素
小兒受突然的精神刺激，或環境和生活習慣的突然改變也可引起短時間的便秘。
