1、當女性淋病併發有輸卵管炎時，可導致不孕。女性淋病引起不孕症的發病率為20%左右，隨著感染次數的增加不孕症發生率升高。對於感染三次以上淋病的婦女，不孕症發生率可達70%。宮頸淋菌性炎症可導致早期破膜，羊膜腔內感染，胎兒宮內感染，胎兒宮內發育遲緩，早產等。新生兒因早產，體重低，敗血症的發病率和死亡率很高。
2、產後淋球菌上行感染，可引起子宮內膜炎，產褥熱，嚴重時引起產後敗血症，新生兒淋病性結膜炎及淋球性婦女外陰陰道炎。
3、女性淋病的主要合併症有淋菌性盒腔炎，如急性輸卵管炎，子宮內膜炎，繼發性輸卵管卵巢膿腫及其破裂所致的盆腔膿腫，腹膜炎等。多在月經後突然發病，有高熱、寒戰、頭痛、噁心、嘔吐、下腹痛，膿性白帶增多。雙側附件增厚、壓痛。
4、男性淋病性尿道炎患者有各種合併症，主要有前列腺炎、精囊炎、附睪炎。
(1)前列腺炎：急性前列腺炎是淋球菌進入前列腺的排洩管、腺體引起的，有發熱、寒戰，會陰疼痛及伴有排尿困難等尿路感染症狀。檢查時前列腺腫脹、壓痛。但是淋球菌不是引起急性前列腺炎的常見病因。淋球菌引起的前列腺主要表現為慢性病變，，其症狀輕微，有會陰部不適，陰莖痛，早晨尿道口有“餬口”現象，尿中見到淋絲，前列腺按摩液有膿球及卵磷脂減少，塗片或培養找到淋球菌，肛診可在前列腺上觸到小結節，並有不適或痛感，在排洩管附近排膿形成瘢痕性收縮影響射精，造成不育。
(2)附睪炎：一般發生急性尿道炎後，單側居多。有低熱，附睪腫大疼痛，同側腹股溝和下腹部有反射抽痛，初起與睪丸界限清楚，漸漸不清，睪丸觸痛，腫大，劇烈觸痛。尿液常混濁。同時可有前列腺和精囊炎。
(3)精囊炎：急性時有發熱、尿頻、尿急、尿痛，終未尿混濁並帶血。直腸檢查可觸及腫大的精囊同時有劇烈的觸痛，慢性精囊炎一般無自覺症狀，直腸鏡檢查出精囊發硬，有纖維化。
(4)尿道球腺炎：發生在會陰或其左右，出現指頭大小結節、疼痛，急性可化膿破潰，壓迫尿道而排尿困難，可有發熱等全身症狀，進展緩慢。
(5)尿道狹窄：反覆發作者可引起尿道狹窄，少數可發生輸精管狹窄或梗阻，出現排尿困難，尿線變細，嚴重時尿瀦留。繼發輸精管狹窄，精囊囊腫與不育。
