細菌性陰道病是較為嚴重的婦科疾病，因為一旦嚴重了，可能引發一些併發症。與細菌性陰道病有關的有這些併發症：
1、盆腔炎：手術證實，患有盆腔炎女性的上生殖道分泌物中最常分離出的菌群與細菌性陰道病的菌群一致。盆腔炎患者合併細菌性陰道病者佔61.8%。
2、異常子宮出血和子宮內膜炎：異常子宮出血常由子宮內膜炎所致。子宮內膜炎引起異常子宮出血與受感染的子宮內膜對卵巢激素的異常反應或子宮內膜受到感染或炎症的直接破壞有關。對細菌性陰道病患者口服甲硝唑治療，可以迅速地緩解子宮出血。
3、婦科手術後感染：在手術終止妊娠的女性中，妊娠合併細菌性陰道病女性的盆腔炎發病率是未合併細菌性陰道病女性者的3.7倍。對手術流產女性口服甲硝唑治療細菌性陰道病可減少70%的術後盆腔炎發生率。合併細菌性陰道病患者子宮全切術後陰道斷端蜂窩織炎、盆腔膿腫或兩者並存的危險性增加。
4、宮頸癌：細菌性陰道病、宮頸上皮內瘤樣病變以及生殖道人乳頭狀瘤病毒感染有相同的流行病學特徵，細菌性陰道病的厭氧菌代謝可產生胺及有致癌作用的亞硝基胺。細菌性陰道病患者陰道分泌物中存在高濃度磷脂酶C和A2，後者可增加了人乳頭狀瘤病毒感染的易感性，這些可能在宮頸上皮細胞轉變方面起一定的作用。
5、HIV感染：細菌性陰道病可增加異性間HIV(人類免疫缺陷病毒)傳播的危險性。當pH值增加時，HIV的生存能力和黏附能力增加，並且可能使傳播更為容易。同時，細菌性陰道病可改變陰道分泌物的其他理化性質，這些變化可改變宿主的防禦機制，使HIV易感性增加。
6、不育和流產：細菌性陰道病患者輸卵管因素不育症發生率增高。在助孕治療中，細菌性陰道病患者和非細菌性陰道病患者的胚胎種植率相似，但細菌性陰道病患者早孕期流產率高於非細菌性陰道病者。
7、羊膜絨毛膜炎、胎膜早破、早產和低出生體重兒：細菌性陰道病患者陰道內細菌可通過胎膜進入羊膜腔，導致羊膜炎及羊膜絨毛膜炎，並可進一步發展為胎膜早破、早產和分娩低出生體重兒。
8、產後子宮內膜炎及剖宮產後傷口感染：剖宮產分娩的細菌性陰道病患者手術後腹部傷口感染和子宮內膜炎發生率較非細菌性陰道病患者高。從這些患者產後子宮內膜炎部位常可培養出與細菌性陰道病相關的陰道菌。
而如果是在孕期感染上細菌性陰道病，後果也是嚴重的。孕婦感染細菌性陰道炎會增加早產、胎膜早破、低體重出生兒、產後盆腔感染的幾率。有一些研究認為細菌性陰道炎還與孕中期流產有一定的關係。
